Набор реагентов «Y-Expert» — Центр исследования ДНК

Набор реагентов «Y-Expert» для прямого определения субгаплогруппы Y-хромосомы человека

Набор реагентов «Y-Expert» предназначен для прямого определения субгаплогруппы Y-хромосомы человека методом полимеразной цепной реакции с последующей гибридизацией и детекцией флуоресцентно-меченых продуктов амплификации на биологическом микрочипе.

Область применения набора: лаборатории экспертно-криминалистических и судебно-медицинских учреждений, научно-исследовательские лаборатории.

Набор позволяет генотипировать 92 коротких биаллельных генетических маркера субгаплогрупп Y-хромосомы человека.

Набор реагентов «Y-Expert» предназначен для анализа любых биологических следов, содержащих геномную ДНК человека: кровь, сперма, слюна, луковицы волос, потожировые следы, фрагменты одежды и так далее. Для анализа ДНК должна быть выделена наиболее подходящим для исследуемого объекта методом. Реагенты для выделения ДНК не входят в состав набора.

Набор реагентов «Y-Expert» позволяет проводить прямое (безошибочное) определение субгаплогруппы Y-хромосомы с использованием SNP, получать поисковую информацию о предполагаемом геногеографическом происхождении подозреваемого и определять субгаплогруппы нескольких участников в смеси (групповые половые преступления).

Набор реагентов «Y-Expert» обеспечивает:

мультиплексную ПЦР, в ходе которой происходит амплификация и флуоресцентное маркирование 92 целевых фрагментов генома человека;
проведение гибридизационного анализа с использованием 184 дифференцирующих олигонуклеотидных зондов, иммобилизованных на биологическом микрочипе.

Видовая специфичность. Набор абсолютно специфичен для ДНК человека; примеси геномов других биологических видов не искажают результат.

Специфичность генотипирования обеспечивается на двух уровнях:

на стадии ПЦР — специфичностью праймеров, которые выбраны таким образом, чтобы не иметь никаких локусов отжига, кроме целевых, расположенных в геноме человека;
на стадии гибридизации — специфичностью олигонуклеотидных зондов, комплементарных только аллельным последовательностям внутри амплифицированного локуса.

Чувствительность. Рекомендуемое количество анализируемой ДНК составляет >0,1 нг. При концентрации менее 0,1 нг/мкл следует, по возможности, увеличить объем образца, вносимого в ПЦР. Верхний предел концентрации ДНК не лимитирован; нормирование концентрации не требуется.

Генотипирование деградированных образцов. При создании набора были минимизированы расстояния между праймерными парами. Благодаря этому средняя длина ампликонов составляет 72 п.н., что повышает вероятность успешного генотипирования образцов ДНК, подвергшихся деградации (фрагментированию). Распределение длин ампликонов приведено на диаграмме.

Генотипирование смешанных образцов. Генотипирование смешанных мужских образцов позволяет получить информацию о субгаплогруппах Y-хромосомы человека в смеси.

Состав набора

Набор реагентов «Y-Expert» рассчитан на проведение 50 исследований образцов, включая положительные и отрицательные контрольные образцы.

В состав набора реагентов входят следующие компоненты:

Реагенты для амплификации:

ПЦР-буфер (буфер с MgCl2 для ПЦР) – 1 пробирка (330 мкл)
Праймеры – 1 пробирка (165 мкл)
Полимераза – 1 пробирка (50 мкл)
Вода (деионизованная вода для ПЦР) – 1 пробирка (800 мкл)

Реагенты для гибридизации:

ГПБ (гибридизационно-промывочный буфер) – 1 флакон (20 мл)
Формамид – 1 пробирка (400 мкл)
Биочипы – 50 шт.

Дополнительные материалы:

Паспорт набора (1 экз. на поставку)
Инструкция по применению (1 экз. на поставку)
Шаблон «YExpert***.tpl» для анализа биочипов программой ImaGel Studio поставляется вместе с автоматическим генетическим анализатором молекул ДНК «Пикодетект». При обновлении версии ПО возможно доукомплектование поставки электронным носителем с шаблоном.

Анализируемая панель генов

Генетические маркеры, входящие в набор «Y-expert»

№	Ветвь	Маркер	SNP	Аллели	Длина продукта, п.н.
1	B	M60	rs2032623	Del/T	74
2	C	M130	rs35284970	C/T	83
3	C2a	F1906	rs757963138	C/T	54
4	C2a1a1	Z18160	rs932547133	T/C	64
5	C2a1a2	F6370	rs1006212381	G/A	50
6	C2a1a3	Y4630	rs762801298	T/C	50
7	C2b	Z4063	rs779365439	C/T	59
8	C2b1a1a	M407	rs371814332	A/G	77
9	D	CTS3946	rs202084622	G/A	71
10	E	M5388	rs9786534	A/T	86
11	E1b	P177	rs16980473	C/T	106
12	E1b1b	M5017	rs375483917	C/T	84
13	E1b1b1a	L539	rs759888730	G/A	58
14	E1b1b1a1b1	L618	rs747512370	T/C	59
15	E1b1b1a1b2	L677	rs566113049	C/G	75
16	E1b1b1b	Z827	rs367988033	G/C	62
17	E1b1b1b2a1	M123	rs371143248	C/T	71
18	E1b1b1b2a1a1	L29	rs35394227	C/T	70
19	E1b1b1b2a1a4	L791	rs1004451833	A/C	75
20	G	P257	rs2740980	G/A	68
21	G1	F858	rs772469530	A/G	63
22	G2a	P15	rs370167410	C/T	65
23	G2a1	Z6552	rs750938499	G/A	60
24	G2a2	L1259	rs561766566	C/G	64
25	H	M2920	rs576940616	G/T	84
26	I	U179	rs2319818	G/A	117
27	I1	M253	rs9341296	C/T	79
28	I1a1	Z2336	rs781183295	A/T	95
29	I1a2	Z58	rs772609696	T/C	79
30	I2	M438	rs17307294	A/G	81
31	I2a1a	S2648	rs753037714	T/C	62
32	I2a1b	M436	rs17315680	G/C	84
33	I2a2	L596	rs751715583	G/A	60
34	J	M304	rs13447352	A/C	73
35	J1	PF4641	rs368026888	C/T	62
36	J1a2a1a~	Z2363	rs370846392	A/G	60
37	J1a2b~	CTS3569	rs979195773	G/A	60
38	J2	CTS886	rs370602308	G/A	59
39	J2a	M410	rs371079691	A/G	89
40	J2a1a1a	PF5125	rs374844983	C/G	68
41	J2a1a1a2b2	PF5130	rs376160892	C/T	85
42	J2a1a1a2b2a3~	Z7671	rs774144264	A/C	68
43	J2a1a1b	Z2221	rs750809566	G/A	67
44	J2b	Z2417	rs375442273	G/A	57
45	L	M185	rs2032607	C/T	85
46	L1a2a	Z5919	rs757301322	C/T	62
47	L1a2b~	Y6288	rs779397534	G/C	76
48	L1b	PH3615	rs373541569	G/A	66
49	N	M231	rs9341278	G/A	86
50	N1a1	L395	rs535306798	G/A	73
51	N1a1a1a1a1	CTS10760	rs752910355	C/A	88
52	N1a1a1a1a2	CTS10082	rs754843459	G/T	67
53	N1a2	CTS10075	rs749333012	G/A	68
54	O	M175	rs2032678	In/Del	83
55	O1	M1422	rs72611647	C/T	67
56	O2	F36	rs77461301	G/A	70
57	O2a2b1	M134	rs200634940	C/Del	70
58	Q	M1105	rs563604826	G/A	69
59	Q1	L472	rs35724598	G/C	65
60	Q1a1	M7361	rs546670094	C/T	54
61	Q1b1a	L54	rs34954951	G/A	68
62	Q1b1b	YP344	rs537603394	C/T	54
63	Q2	L275	rs777076210	G/A	67
64	R	P224	rs17307398	C/T	65
65	R1a	M420	rs17250535	T/A	68
66	R1a1a1b	S224	rs111731595	C/T	77
67	R1a1a1b1	Z283	rs112309702	T/A	85
68	R1a1a1b1a1	Z2906	rs577852759	C/T	70
69	R1a1a1b1a1a1c	CTS11962.1	rs549564137	C/T	55
70	R1a1a1b1a2	Z91	rs111908460	G/A	88
71	R1a1a1b1a2a	Z686	rs112672534	T/C	69
72	R1a1a1b1a2b	S3357	rs556726425	C/A	65
73	R1a1a1b1a2b3a1	YP237	rs986566985	A/G	77
74	R1a1a1b1a2b3a3	Y33	rs776609412	G/A	85
75	R1a1a1b2	Z93	rs566323605	G/A	89
76	R1a1a1b2a1a	L657.1	rs547192967	G/A	106
77	R1a1a1b2a2	Z2124	rs982236441	C/G	120
78	R1a1a1b2a2a~	Z2125	rs570569843	C/T	71
79	R1a1a1b2a2a1	Z2123	rs766822106	C/T	86
80	R1a1a1b2a2a1c~	Y20746	rs866163023	C/T	85
81	R1a1a1b2a2a1d~	Y934	rs866470195	G/C	63
82	R1a1a1b2a2a3~	S23592	rs1003476406	A/C	61
83	R1a1a1b2a2b	Z2122	rs577371457	G/A	55
84	R1b	M343	rs9786184	C/A	56
85	R1b1a1a	M73	rs2032634	TG/Del	81
86	R1b1a1b	CTS894	rs3096835	G/A	55
87	R1b1a1b1a	M412	rs9786140	G/A	58
88	R1b1a1b1a1a1	M405	rs16981293	C/T	66
89	R1b1a1b1a1a2	P312	rs34276300	C/A	56
90	R1b1a1b1b	Z2103	rs567703217	G/C	67
91	R2	FGC22585	rs368074615	G/A	85
92	T	M272	rs9341308	A/G	60