Набор реагентов для выявления генетических маркеров, ассоциированных с риском развития деменций альцгеймеровского типа, методом полимеразной цепной реакции с последующей гибридизацией и детекцией флуоресцентно-меченных продуктов амплификации на биологическом микрочипе («БИОЧИП-А») по ТУ 21.20.23-011-02699501-2022
Регистрационный номер медицинского изделия: Г004-00110-00/03777941
Набор реагентов «БИОЧИП-А» предназначен для поддержки диагностики и может быть использован для расчета значения полигенного риска (ПГР) развития деменций альцгеймеровского типа по модели Tosto et al, 2017, включающей 21* генетический маркер, каждому из которых присвоен свой коэффициент риска. Предназначен для определения 23 генетических маркеров (rs6656401 G>A, rs6733839 C>T, rs35349669 C>T, rs190982 A>G, rs9271192 A>C, rs10948363 A>G, rs2718058 A>G, rs1476679 T>C, rs11771145 G>A, rs28834970 T>C, rs9331896 T>C, rs10838725 T>C, rs983392 A>G, rs10792832 G>A, rs11218343 T>C, rs17125944 T>C, rs10498633 G>T, rs8093731 C>T, rs4147929 G>A, rs3865444 C>A, rs7274581 T>C, rs429358 T>C, rs7412 C>T) методом полимеразной цепной реакции с последующей гибридизацией и детекцией флуоресцентно-меченных продуктов амплификации на биологическом микрочипе.
Состав набора
Набор реагентов «БИОЧИП-А» по ТУ 21.20.23-011-02699501-2022, в составе:
Комплект № 1 для проведения полимеразной цепной реакции (ПЦР) и флуоресцентного маркирования:
— Вода — 2 пробирки (по 1200 мкл);
— ПЦР-буфер — 1 пробирка (870 мкл);
— дНТФ — 1 пробирка (75 мкл);
— Полимераза — 1 пробирка (120 мкл);
— Cмесь праймеров «ПР-1» — 1 пробирка (75 мкл);
— Cмесь праймеров «ПР-2» — 1 пробирка (75 мкл);
— Положительный контроль «K+» — 1 пробирка (100 мкл);
— Отрицательный контроль «K-» — 1 пробирка (100 мкл);
Комплект № 2 для проведения гибридизации:
Подкомплект 2А:
— Гибридизационный компонент №1 — 1 пробирка (720 мкл);
— Промывочный буфер (х20) — 1 пробирка (350 мкл);
Подкомплект 2Б:
— Гибридизационный компонент №2 — 1 пробирка (720 мкл);
Подкомплект 2В:
— Биологические микрочипы — 6 коробок (по 10 шт.);
Инструкция по применению – 1 шт.;
Аналитический паспорт – 1 шт.
Область применения
Клиническая лабораторная диагностика. Только для диагностики in vitro. Только для профессионального применения.
Набор реагентов «БИОЧИП-А» может быть использован для расчета значения полигенного риска (ПГР) развития деменций альцгеймеровского типа по модели Tosto G. et al. 2017, включающей 21* генетический маркер, каждому из которых присвоен свой коэффициент риска:
№ | Идентификатор маркера (rsID) | Ген** | Аллель эффекта | Коэффициент риска [Tosto G. et al. 2017] |
1 | rs6656401 G>A | CR1 | A | 0,166 |
2 | rs6733839 C>T | BIN1 | T | 0,199 |
3 | rs35349669 C>T | INPP5D | T | 0,077 |
4 | rs190982 A>G | MEF2C | G | -0,073 |
5 | rs9271192 A>C | HLA-DRB5/1 | C | 0,104 |
6 | rs10948363 A>G | CD2AP | G | 0,095 |
7 | rs2718058 A>G | NME8 | G | -0,073 |
8 | rs1476679 T>C | ZCWPW1 | C | -0,094 |
9 | rs11771145 G>A | EPHA1 | A | -0,105 |
10 | rs28834970 T>C | PTK2B | C | 0,095 |
11 | rs9331896 T>C | CLU | C | -0,151 |
12 | rs10838725 T>C | CELF1 | C | 0,077 |
13 | rs983392 A>G | MS4A6A | G | -0,105 |
14 | rs10792832 G>A | PICALM | A | -0,139 |
15 | rs11218343 T>C | SORL1 | C | -0,261 |
16 | rs17125944 T>C | FERMT2 | C | 0,131 |
17 | rs10498633 G>T | RIN-SLC24A | T | -0,094 |
18 | rs8093731 C>T | DSG2 | T | -0,315 |
19 | rs4147929 G>A | ABCA7 | A | 0,14 |
20 | rs3865444 C>A | CD33 | A | -0,062 |
21 | rs7274581 T>C | CASS4 | C | -0,128 |
* Для расчета значения ПГР используется 21 из 23 генетических маркеров, выявляемых с помощью набора реагентов «БИОЧИП-А». Остальные два генетических маркера используются для определения генотипа гена APOE.
** Если генетический маркер расположен в межгенном регионе, указан ближайший ген.
Значение ПГР рассчитывается по формуле:
ПГР = 0,166 * Nrs6656401_A + 0,199 * Nrs6733839_T + 0,077 * Nrs35349669_T – 0,073 * Nrs190982_G + 0,104 * Nrs9271192_C + 0,095 * Nrs10948363_G – 0,073 * Nrs2718058_G – 0,094 * Nrs1476679_C – 0,105 * Nrs11771145_A + 0,095 * Nrs28834970_C – 0,151 * Nrs9331896_C + 0,077 * Nrs10838725_C – 0,105 * Nrs983392_G – 0,139 * Nrs10792832_A – 0,261 * Nrs11218343_C + 0,131 * Nrs17125944_C – 0,094 * Nrs10498633_T – 0,315 * Nrs8093731_T + 0,14 * Nrs4147929_A – 0,062 * Nrs3865444_A – 0,128 * Nrs7274581_C
где N – количество соответствующих аллелей эффекта (от 0 до 2).
Набор реагентов «БИОЧИП-А» может быть использован для определения генотипа гена Определение ε-аллелей гена APOE осуществляется в результате анализа двух молекулярно-генетических маркеров: rs429358 T>С и rs7412 C>T:
аллель ε2: | rs429358 T и rs7412 T |
аллель ε3: | rs429358 T и rs7412 C |
аллель ε4: | rs429358 C и rs7412 C |
На основании сочетания ε-аллелей у индивидуума определяется его генотип по гену APOE.
Принцип метода
Принцип метода, используемый в наборе реагентов «БИОЧИП‑А», основан на применении мультиплексной ПЦР с последующей гибридизацией и детекцией флуоресцентно-меченных продуктов амплификации на биологическом микрочипе.
Исследование с использованием набора реагентов «БИОЧИП‑А» состоит из следующих этапов: выделение ДНК (пробоподготовка), мультиплексная полимеразная цепная реакция с одновременным введением флуоресцентной метки в ПЦР-продукт, гибридизация ПЦР-продукта с биологическим микрочипом, регистрация и интерпретация результатов гибридизации.
Реагенты для выделения ДНК не включены в состав набора реагентов. Выделение ДНК проводят с использованием «Набора реагентов для выделения ДНК/РНК из клинического материала «НК-Экстра» по ТУ 21.20.23-013-97638376-2019» в составе: I. Набор реагентов «НК-Экстра» — 1 шт., варианты исполнения: 1. Форма комплектации 1: Комплект реагентов «НК-Экстра-M» для ручного выделения и выделения с использованием автоматизированных станций пробоподготовки», производства ООО «ТестГен», Россия, РУ № РЗН 2021/15428 от 05 июня 2023 года.
В ходе ПЦР происходит амплификация целевых фрагментов ДНК с использованием специфичных праймеров, после чего на матрице данных фрагментов синтезируются преимущественно одноцепочечные ПЦР-продукты, содержащие флуоресцентную метку для последующей регистрации результатов гибридизации на биологическом микрочипе.
Биологический микрочип представляет собой пластиковую подложку с иммобилизованными зондами (олигонуклеотидами), специфичными к определенным генетическим вариантам ДНК человека. Регистрация результатов гибридизации проводится с помощью анализа флуоресценции меченного ПЦР-продукта, комплементарно связанного с зондами, иммобилизованными на биологическом микрочипе. Регистрация и интерпретация результатов осуществляется с использованием медицинского изделия «Комплекс универсальный аппаратно-программный (УАПК) для анализа биологических микрочипов по ТУ 9443-004-02699501-2006» (РУ № ФСР 2010/08002 от 13 января 2020г.).
Время проведения анализа (без учета пробоподготовки) – от 22 до 24 часов.
Целевой аналит — 23 генетических маркера в ДНК человека, выделенной из цельной периферической венозной крови.
Число анализируемых проб — Набор реагентов рассчитан на 60 определений, включая анализ клинических образцов, положительных и отрицательных контролей.
