Набор реагентов «Holstein Expert+» для генотипирования наследственных аномалий голштинской и голштинизированных пород КРС и полиморфизмов, ассоциированных с хозяйственно-полезными признаками
Набор реагентов «Holstein Expert+» предназначен для проведения молекулярно-генетической экспертизы биоматериала КРС с целью определения 15 генетических аномалий, наблюдаемых у представителей голштинской и голштинизированных пород, а также генотипирования трех полиморфизмов в гене каппа-казеина CSN3 (rs43703015, rs43703016, rs43703017), двух – в гене β-лактоглобулина LGB (rs110066229, rs109625649) и одного – в гене β-казеина CSN2 (rs43703011).
Область применения набора: молекулярно-генетические лаборатории, в том числе ветеринарные и научно-исследовательские.
Набор «Holstein Expert+» предназначен для анализа любых биологических следов, содержащих геномную ДНК Bos taurus: кровь, сперма, слюна, молоко и т. д. Для анализа ДНК должна быть выделена методом, наиболее подходящим для исследуемого объекта. Реагенты для выделения ДНК не входят в состав набора.
Состав набора
Набор «Holstein Expert+» рассчитан на проведение 50 исследований образцов, включая положительные и отрицательные контрольные образцы.
В состав набора реагентов входят следующие компоненты:
Компоненты для амплификации:
- ПЦР-буфер (буфер с MgCl2 для ПЦР) – 1 пробирка (330 мкл)
- Праймеры – 1 пробирка (165 мкл)
- Полимераза – 1 пробирка (50 мкл)
- К+ (ДНК Bos taurus без аномалий, 1-10 нг/мкл) – 1 пробирка (5 мкл)
- Вода (вода деионизованная для проведения ПЦР) – 1 пробирка (800 мкл)
Компоненты для гибридизации:
- Формамид – 1 пробирка (550 мкл)
- ГПБ (гибридизационно-промывочный буфер) – 1 флакон (20 мл)
- Биочипы – 50 шт.
Дополнительные материалы (1 экз. на поставку):
- Паспорт набора
- Инструкция по применению
- Номограмма (опционально)
Состав панели «Holstein Expert+»
Генетические детерминанты 15-ти летальных гаплотипов и моногенных заболеваний КРС:
№ п/п | OMIA ID | Аномалия | Ген | Замена | |
+ цепь | — цепь | ||||
1 | 000001-9913 | HH1 | APAF1 | C>T | G>A |
2 | 001823-9913 | HH2 | IFT80 | Norma>DelT | Norma>DelA |
3 | 001824-9913 | HH3 | SMC2 | T>C | A>G |
4 | 001826-9913 | HH4 | GART | A>C | T>G |
5 | 001941-9913 | HH5 | TBF1M | Norma>Del 138 kbp | |
6 | 002149-9913 | HH6 | SDE2 | A>G | T>C |
7 | 001830-9913 | HH7 | CENPU | Norma>Del 4bp | |
8 | 000151-9913 | BY | FANCI | Norma>Del 3329 bp | |
9 | 001340-9913 | CVM | SLC35A3 | C>A | G>T |
10 | 000262-9913 | DUMPS | UMPS | C>T | G>A |
11 | 000595-9913 | BLAD | ITGB2 | T>C | A>G |
12 | 000194-9913 | BC | ASS1 | C>T | G>A |
13 | 001965-9913 | HCD | APOB | Norma>Ins 1299 bp | |
14 | 000963-9913 | MF | LRP4 | CG > AT | GС > TA |
15 | 002819-9913 | MW | CACNA1S | C>T | G>A |
Полиморфизмы, ассоциированные c хозяйственно-полезными признаками:
№ п/п | Ген | rs-номер | Замена | Влияние | |
+ цепь | — цепь | ||||
1 | CSN3 | rs43703015 | C>T | G>A | удойность, содержание белка и жира, скорость коагуляции молока |
2 | rs43703016 | C>A | G>T | содержание белка в молоке | |
3 | rs43703017 | A>G | T>C | содержание белка и жира, скорость коагуляции молока | |
4 | LGB | rs110066229 | G>A | C>T | удойность, содержание белка и жира, |
5 | rs109625649 | C>T | G>A | скорость коагуляции молока | |
6 | CSN2 | rs43703011 | T>G | A>C | скорость сычужной коагуляции молока, плотность белкового сгустка; А2-молоко |
Набор «Holstein Expert+» обеспечивает:
- мультиплексную ПЦР, в ходе которой происходит амплификация и флуоресцентное маркирование целевых фрагментов генома Bos taurus;
- проведение гибридизационного анализа с использованием дифференцирующих олигонуклеотидных зондов, иммобилизованных на биологическом микрочипе.
Видовая специфичность. Набор абсолютно специфичен для ДНК Bos taurus, примеси геномов других биологических видов не искажают результат. Специфичность генотипирования обеспечивается на двух уровнях:
- на стадии ПЦР — специфичностью праймеров, которые выбраны таким образом, чтобы не иметь никаких локусов отжига, кроме целевых, расположенных в геноме Bos taurus;
- на стадии гибридизации — специфичностью олигонуклеотидных зондов, комплементарных только аллельной последовательности внутри амплифицированного локуса.
Чувствительность. Рекомендуемое количество анализируемой ДНК составляет >0,5 нг. При концентрации менее 0,5 нг/мкл следует, по возможности, увеличить объем образца, вносимого в ПЦР. Верхний предел концентрации ДНК не лимитирован, нормирование концентрации не требуется. Аналитическая чувствительность набора в отсутствие ингибиторов ПЦР: 0,5 нг.
Пример анализа биологического микрочипа Holstein Expert+
