Набор реагентов для генотипирования ДНК с последующей детекцией на биологических микрочипах панель D-50 (проект «Диета»)
Набор реагентов «Питание D50» предназначен для генотипирования полиморфизмов человека, для которых установлена ассоциация с факторами, определяющими пищевое поведение, усвоение витаминов и нутриентов, и стратегию коррекции массы тела.
Область применения набора: научно-исследовательские лаборатории.
Набор позволяет генотипировать следующие генетические маркеры: rs4341, rs1815739, rs4961, rs1229984, rs1042713, rs1042714, rs4994, rs699, rs4654748, rs17602729, rs3135506, rs7412, rs429358, rs1049305, rs12934922, rs1761667, rs5882, rs4680, rs762551, rs1799998, rs1800497, rs1799983, rs1799883, rs174547, rs9939609, rs602662, rs5400, GSTM1deletion, GSTT1deletion, rs1695, rs2187668, rs1800795, rs1800896, rs5219, rs4988235, rs17782313, rs1801131, rs1801133, rs1805087, rs1801394, rs1801282, rs8192678, rs1051266, rs4880, rs1726866, rs12255372, rs1800629, rs660339, rs731236, rs1544410.
Состав набора
Набор «D50» рассчитан на проведение 50 исследований образцов, включая положительные и отрицательные контрольные образцы.
В состав набора реагентов входят следующие компоненты:
Компоненты для амплификации:
- ПЦР-буфер (буфер с MgCl2 для ПЦР) – 1 пробирка (330 мкл)
- Праймеры – 1 пробирка (165 мкл)
- Полимераза – 1 пробирка (50 мкл)
- Вода (деионизованная вода для проведения ПЦР) – 1 пробирка (800 мкл)
Компоненты для гибридизации:
- ГПБ (гибридизационно-промывочный буфер) – 1 флакон (20 мл)
- Формамид – 1 пробирка (400 мкл)
- Биочипы – 50 шт.
Дополнительные материалы:
- Паспорт набора (1 экз. на поставку)
- Инструкция по применению (1 экз. на поставку)
Состав панели SNP
№ п/п | ген | снип | № п/п | ген | снип |
1 | ACE | rs4341 | 26 | FUT2 | rs602662 |
2 | ACTN3 | rs1815739 | 27 | GLUT2 | rs5400 |
3 | ADD1 | rs4961 | 28 | GSTM1 | GSTM1 |
4 | ADH1B | rs1229984 | 29 | GSTP1 | rs1695 |
5 | ADRB2 | rs1042713 | 30 | HLA-DQA1 | rs2187668 |
6 | ADRB2 | rs1042714 | 31 | IL6 | rs1800795 |
7 | ADRB3 | rs4994 | 32 | IL10 | rs1800896 |
8 | AGT | rs699 | 33 | KSNJ11 | rs5219 |
9 | ALPL NBPF3 | rs4654748 | 34 | LCT(MCM6) | rs4988235 |
10 | AMPD1 | rs17602729 | 35 | MC4R | rs17782313 |
11 | APOA5 | rs3135506 | 36 | MTHFR | rs1801131 |
12 | APOE | rs7412 | 37 | MTHFR | rs1801133 |
13 | APOE | rs429358 | 38 | MTR | rs1805087 |
14 | AQP1 | rs1049305 | 39 | MTRR | rs1801394 |
15 | BCMO1 | rs12934922 | 40 | GSTT1 | GSTT1 |
16 | CD36 | rs1761667 | 41 | PPARG | rs1801282 |
17 | CETP | rs5882 | 42 | PPARGC1A | rs8192678 |
18 | COMT | rs4680 | 43 | SLC19A1 | rs1051266 |
19 | CYP1A2 | rs762551 | 44 | SOD | rs4880 |
20 | CYP11B2 | rs1799998 | 45 | TAS2R38 | rs1726866 |
21 | DRD2 | rs1800497 | 46 | TCF7L2 | rs12255372 |
22 | eNOS | rs1799983 | 47 | TNFa | rs1800629 |
23 | FABP2 | rs1799883 | 48 | UCP2 | rs660339 |
24 | FADS1 | rs174547 | 49 | VDR | rs731236 |
25 | FTO | rs9939609 | 50 | VDR | rs1544410 |
Набор «D50» предназначен для анализа любых биологических следов, содержащих геномную ДНК человека. Для анализа ДНК должна быть выделена методом, наиболее подходящим для исследуемого объекта. Реагенты для выделения ДНК не входят в состав набора.
Набор реагентов предназначен для качественного анализа.
Только для профессионального применения в научных целях.
Аналитические характеристики набора
Набор «Питание D50» обеспечивает:
• мультиплексную ПЦР, в ходе которой происходит амплификация и флуоресцентное маркирование 50 целевых фрагментов генома человека;
• проведение гибридизационного анализа с использованием 100 дифференцирующих олигонуклеотидных зондов, иммобилизованных на биологическом микрочипе.
Специфичность. Набор абсолютно специфичен для ДНК человека, примеси геномов других биологических видов не искажают результат.
Специфичность генотипирования обеспечивается на двух уровнях:
• на стадии ПЦР — специфичностью праймеров, которые выбраны таким образом, чтобы не иметь никаких локусов отжига, кроме целевых, расположенных в геноме человека;
• на стадии гибридизации — специфичностью олигонуклеотидных зондов, комплементарных только аллельным последовательностям внутри амплифицированного локуса.
• Допускается недостаточная амплификация до 3 локусов из панели. Это может быть связано с особенностями используемых амплификаторов, наличием ингибиторов в образце, погрешностью дозаторов.
Чувствительность. Рекомендуемое количество анализируемой ДНК составляет > 1 нг. При концентрации менее 1 нг/мкл следует, по возможности, увеличить объем образца, вносимого в ПЦР. Верхний предел концентрации ДНК не лимитирован, нормирование концентрации не требуется.
