Набор реагентов «Phenotype Expert» для генотипирования маркеров, ассоциированных c цветом глаз, волос, кожи, группой крови АВ0, базовой гаплогруппой Y-хромосомы и половой принадлежностью человека
Набор реагентов «Phenotype Expert» предназначен для генотипирования 60 маркеров, ассоциированных с поисковыми признаками, облегчающими формирование круга подозреваемых лиц и установление личности по образцу геномной ДНК человека.
Область применения набора: лаборатории экспертно-криминалистических и судебно-медицинских учреждений, научно-исследовательские лаборатории.
Набор позволяет идентифицировать короткие генетические детерминанты (однонуклеотидные полиморфизмы — SNP, инсерции, делеции), для которых установлена ассоциация с цветом (глаз, волос и кожи), группой крови AB0, базовой гаплогруппой Y-хромосомы и половой принадлежностью. В соответствии с данным назначением, набор включает в себя четыре пула маркеров, ответственных за указанные поисковые признаки.
Анализируемые объекты. Набор «Phenotype Expert» предназначен для анализа любых биологических следов, содержащих геномную ДНК человека: кровь, сперма, слюна, волосяные луковицы, потожировые следы, фрагменты одежды и так далее. Для анализа ДНК должна быть выделена методом, наиболее подходящим для исследуемого объекта. Реагенты для выделения ДНК не входят в состав набора.
Тест-система Phenotype Expert защищена российским патентом №2740575.
Интерпретация выполняется с использованием алгоритма HirisPlex-S System, разработанного Научной школой Университета Индианы (США) и Медицинским центром Университета Эразмус (Нидерланды), основанного на анализе 41 SNP.
Состав набора
Набор реагентов «Phenotype Expert» рассчитан на проведение 50 исследований образцов, включая положительные и отрицательные контрольные образцы.
В состав набора реагентов входят следующие компоненты:
Реагенты для амплификации:
- ПЦР-буфер (буфер с MgCl2 для ПЦР) – 1 пробирка (330 мкл)
- Праймеры – 1 пробирка (165 мкл)
- Полимераза – 1 пробирка (50 мкл)
- Вода (деионизованная вода для проведения ПЦР) – 1 пробирка (800 мкл)
Реагенты для гибридизации:
- ГПБ (гибридизационно-промывочный буфер) – 1 флакон (20 мл)
- Формамид – 1 пробирка (400 мкл)
- Биочипы – 50 шт.
Дополнительные материалы:
- Паспорт набора (1 экз. на поставку)
- Инструкция по применению (1 экз. на поставку)
- Программное обеспечение «PhenEx.exe», шаблон «PhenEx***.tpl» для анализа биочипов программой ImaGel Studio (при обновлении версии)
Анализируемая панель генов
ЦВЕТ
Пигментация радужной оболочки глаза, волос и кожи определяется в совокупности 41 маркером (Табл.1), позволяющим с высокой достоверностью определить три градации цвета глаз (светлые (голубые, серые), смешанные (болотные, зеленые и пр.), тёмные (карие, черные)), восемь градаций цвета волос (брюнет, темный шатен / брюнет, блондин/русый, блондин, русый/шатен, шатен, шатен/темный шатен, рыжий), пять градаций цвета кожи (очень бледная, светлая, смуглая, темная, черная).
Генетические маркеры, входящие в набор «Phenotype Expert», ассоциированные с цветом глаз, волос и кожи.
№ | Ген/Локус | SNP rsID | № | Ген/Локус | SNP rsID |
1. | MC1R | rs312262906 | 22. | LOC105370627 | rs12896399 |
2. | MC1R | rs11547464 | 23. | TYR | rs1393350 |
3. | MC1R | rs885479 | 24. | TYRP1 | rs683 |
4. | MC1R | rs1805008 | 25. | ANKRD11 | rs3114908 |
5. | MC1R | rs1805005 | 26. | OCA2 | rs1800414 |
6. | MC1R | rs1805006 | 27. | BNC2 | rs10756819 |
7. | MC1R | rs1805007 | 28. | HERC2 | rs2238289 |
8. | TUBB3 | rs1805009 | 29. | SLC24A4 | rs17128291 |
9. | MC1R | rs201326893 | 30. | HERC2 | rs6497292 |
10. | MC1R | rs2228479 | 31. | HERC2 | rs1129038 |
11. | MC1R | rs1110400 | 32. | HERC2 | rs1667394 |
12. | SLC45A2 | rs28777 | 33. | TYR | rs1126809 |
13. | SLC45A2 | rs16891982 | 34. | OCA2 | rs1470608 |
14. | KITLG | rs12821256 | 35. | SLC24A5 | rs1426654 |
15. | LOC105374875 | rs4959270 | 36. | ASIP | rs6119471 |
16. | IRF4 | rs12203592 | 37. | OCA2 | rs1545397 |
17. | TYR | rs1042602 | 38. | RALY | rs6059655 |
18. | OCA2 | rs1800407 | 39. | OCA2 | rs12441727 |
19. | SLC24A4 | rs2402130 | 40. | MC1R | rs3212355 |
20. | HERC2 | rs12913832 | 41. | DEF8 | rs8051733 |
21. | PIGU | rs2378249 |
ГРУППА КРОВИ АВ0
Для определения группы крови AB0 в наборе «Phenotype Expert» использованы 4 маркера: 261(-/G), 297(A/G), 681(G/A), 657(C/T). Их генотипирование позволяет определить аллели A, B,O1, O1v, O2, ассоциированные с серологическими группами крови следующим образом:
№ | Генотип | Серологическая группа АВО |
1. | O1/O1 | 0 (I) группа |
2. | O1/O1v | |
3. | O1/O2 | |
4. | O1v/O1v | |
5. | O1v/O2 | |
6. | O2/O2 | |
7. | A/A | A (II) группа |
8. | A/O1 | |
9. | A/O1v | |
10. | A/O2 | |
11. | B/B | B (III) группа |
12. | B/O1 | |
13. | B/O1v | |
14. | B/O2 | |
15. | A/B | AB (IV) группа |
Применение генотипирования позволяет не только определить серологическую группу крови, но и установить ее генетический подвариант, что повышает дискриминационный потенциал этого исследования.
БАЗОВАЯ ГАПЛОГРУППА Y-ХРОМОСОМЫ
Набор позволяет определить принадлежность исследуемого образца мужской ДНК к одной из 14 базовых гаплогрупп Y—хромосомы человека: B, C, D, E, G, H, I, J, L, N, O, Q, R и T.
№ | Гаплогруппа | Маркер гаплогруппы | SNP rs ID |
1. | B | M60 | rs2032623 |
2. | C | M130 | rs35284970 |
3. | D | CTS3946 | rs202084622 |
4. | E | CTS860, M5388, PF1511 | rs9786534 |
5. | G | P257 | rs2740980 |
6. | H | M2920 | rs576940616 |
7. | I | U179 | rs2319818 |
8. | J | M304 | rs13447352 |
9. | L | M185 | rs2032607 |
10. | N | M231 | rs9341278 |
11. | O | M175 | rs2032678 |
12. | Q | M1105 | rs563604826 |
13. | R | P224 | rs17307398 |
14. | T | M272, PF5667 | rs9341308 |
Применяемое в наборе «Phenotype Expert» определение гаплогруппы по SNP—маркерам является прямым методом, в отличие от определения гаплогруппы посредством предиктора по STR-маркерам, так как, учитывая высокую мутабельность STR-маркеров, среди них нередко встречается гомоплазия, приводящая к грубым ошибкам в определении.
ПОЛОВАЯ ПРИНАДЛЕЖНОСТЬ
Для определения половой принадлежности в наборе использован ген амелогенина AMELX/AMELY.
Аналитические характеристики набора
Набор «Phenotype Expert» обеспечивает:
• мультиплексную ПЦР, в ходе которой происходит амплификация и флуоресцентное маркирование 53 целевых фрагментов генома человека;
• проведение гибридизационного анализа с использованием 128 дифференцирующих олигонуклеотидных зондов, иммобилизованных на биологическом микрочипе.
Видовая специфичность. Набор абсолютно специфичен для ДНК человека; примеси геномов других биологических видов не искажают результат. Специфичность генотипирования обеспечивается на двух уровнях:
• на стадии ПЦР — специфичностью праймеров, которые выбраны таким образом, чтобы не иметь никаких локусов отжига, кроме целевых, расположенных в геноме человека;
• на стадии гибридизации — специфичностью олигонуклеотидных зондов, комплементарных только аллельным последовательностям внутри амплифицированного локуса.
Чувствительность. Рекомендуемое количество анализируемой ДНК составляет >0,1 нг. При концентрации менее 0,25 нг/мкл следует, по возможности, увеличить объем образца, вносимого в ПЦР. Верхний предел концентрации ДНК не лимитирован, нормирование концентрации не требуется. Аналитическая чувствительность набора в отсутствие ингибиторов ПЦР представлена в таблице.
Генотипирование деградированных образцов. При создании набора расстояния между праймерными парами были минимизированы. Благодаря этому средняя длина ампликонов составляет 79 п.н., что повышает вероятность успешного генотипирования деградировавших (фрагментированных) образцов ДНК. Распределение длин локусов приведено на диаграмме.
Генотипирование смешанных образцов. Генотипирование смешанных образцов не позволяет получить надежную информацию о признаках пигментации, группы крови и поле. Для получения достоверных данных необходимо выделить индивидуальный генетический материал. Однако набор позволяет обнаруживать примесь мужской ДНК в образце женской. Кроме того, в случае исследования смешанных мужских образцов (например, при групповом изнасиловании), набор позволяет определить базовые гаплогруппы всех фигурантов.
Пример анализа биологического микрочипа Phenotype Expert
Пример отчета по установлению фенотипических признаков
Наши публикации
